天珠鉴别的实质是天珠的断代，天珠本身材料并不算稀有，年代久远的老天珠才具有很高的价值。由于年代久远，老天珠表面会因为自然风化而失去平滑，出现反射光线不佳的现象。不过这也不是绝对的，经常佩戴或者供佛的老天珠，因为烟熏表面也会温润油光，这类老天珠色泽会比较深，牙白色线条部分也会泛黄，这些特点都需要仔细观察方可鉴别。

最早的天然天珠是由海螺化石打磨而成，后来由于化石的稀缺，古西藏人开始采用一种含玉质及玛瑙成分的沉积岩打磨天珠，天然形成的规则图案，以眼球为主，辅以三角形、四边形等，据藏族传言这种天珠可以护佑平安。琢磨后的成品凸显眼球妆纹饰，就成了作为宗教圣物的天珠。再后来由于九眼石页岩的稀缺，西藏古人开始模仿沉积岩的图案采用草药配置颜色在玛瑙上人工绘制天珠，之后高温烧制。这种古老的加工方法已经失传，在民国之后出现大量用陶瓷仿制的天珠，由于天珠的数量稀少，即使是这种仿天珠都有将近百年的历史，因此价值也不低，鉴定天珠主要是避免购买到现代的工艺品。

新天珠仿制技术成熟，必要时，可在清水或灯光下观察其表面的自然纹路以便辨别真伪；有些老天珠的表面会有朱砂（但并非没有朱砂就不是天珠）。不过，亦即有的朱砂呼之欲出，有的已在表面；天珠的穿孔处必需和表面的色泽、光滑程度一致（有玉质感）；且以乳白色或淡黄色为佳，黑棕色次之；有眼天珠的眼珠部分不要有跨越式的裂痕否则会折损其价值。